הספר מציע את המושג „הגירה ידעית” כמושג אנליטי להבנת המעבר של ייצור המשמעות והלגיטימציה מן המרחב הפוליטי ומן המוסדות הרשמיים אל מרחבים חלופיים – רוחניים, סופיים, אזוטריים ופילוסופיים. הספר אינו רואה בתהליכים אלה בריחה מן המציאות בלבד, אלא ניסיונות היסטוריים לבנייה מחדש של משמעות, זהות, כבוד אנושי והמשותף האתי בתנאים של פילוג, הדרה ומאבקים על סמכות ושלטון. המסלול האינטלקטואלי של הספר הספר עוקב אחר תהליך זה באמצעות שורה של תחנות היסטוריות ואינטלקטואליות: אל-צֻּפָּה וסלמאן אל-פארסי → המודל המוקדם של חברה מקבילה ושל ערכה המוסרי של הידיעה. צפין והבוררות → משבר הלגיטימציה ושבירת המרחב הדיאלוגי הפוליטי. התנועות האזוטריות והתקיה → הגירה אסטרטגית של ידע וזהות בתנאים של עימות פוליטי. הסופיות ואל-חלאג' → מעבר מעימות גלוי אל תיקון פנימי ומיסוד הידע הרוחני. הזאוויות, הח'אנקות והטריקות הסופיות → בניית מרחבים חברתיים ורוחניים מקבילים. המעתזילה וה"מִחְנַה" → ניסיונו של השכל כאשר הוא הופך מכלי ביקורתי לכלי של כפייה פוליטית. אל-פאראבי ואבן סינא → ההגירה אל המרחב הפילוסופי ואל ההפשטה השכלית. אל-ע'זאלי ואבן רֻשְד → העימות בין ההוכחה הרציונלית לבין הטקסט והניסיון לבנות מחדש את היחסים בין החוכמה לבין ההלכה. מתוך מסלולים אלה מגיע הספר אל השאלה העכשווית: כיצד יכול האדם לקבל את קיומה של מחשבה השונה ממחשבתו, מבלי להפוך את השוני להדרה או לעימות? מן ההגירה הידעית אל הנדסת הדיאלוג מסעו של הספר אינו מסתיים באבחון העבר, אלא עובר אל בניית אופק לעתיד. המחבר מציע את המושג „הנדסת הדיאלוג” כביטוי למעבר מניהול הסכסוך אל בנייה מחדש של התנאים המאפשרים דיאלוג, באמצעות: הכרה בכבוד האדם ובזכותו לשונות. הימנעות מתביעת בעלות מוחלטת על האמת במרחב האנושי. הישענות על טיעון ודיאלוג במקום על כפייה. הפיכת השוני ממקור לעימות לאמצעי להרחבת ההבנה. בניית „המשותף האתי” בין בעלי השקפות שונות. הבחנה בין ביקורת על רעיונות לבין שיפוט מוחלט של בני אדם. המטרה אינה להפוך את בני האדם לדומים זה לזה במחשבותיהם, אלא לאפשר להם להיות שונים מבלי לבטל את האחר. התזה המרכזית הספר טוען כי חברות המאבדות את יכולתן לקיים דיאלוג במרחב הציבורי מחפשות, באופן טבעי, מרחבים חלופיים להגנה על משמעות, זהות וכבוד. לאורך ההיסטוריה האסלאמית לבשו מרחבים אלה צורות שונות: רוחניות, סופיות, אזוטריות ופילוסופיות. אולם האתגר העכשווי הוא להחזיר את האנרגיה הידעית והמוסרית אל המרחב הציבורי, כך שההגירה הידעית לא תהיה בריחה קבועה מן המציאות, אלא שלב בדרך לבניית מרחב ציבורי חדש המסוגל להכיל ריבוי ושונות. המסר האחרון של הספר הדיאלוג אינו מחייב אותי לוותר על רעיונותיי, ואינו מחייב אותי לקבל את רעיונותיו של האחר כאמת עבורי; הוא מחייב אותי להכיר בזכותו לחשוב, לחלוק עליי ולהתקיים בכבוד. האדם רשאי לבקר רעיונות, לדון במעשים ולהגן על עקרונות מוסריים; אולם עליו להיזהר מלהפוך את עצמו לבעל סמכות מוחלטת על ערכו או על גורלו של הזולת. מכאן מתחילה הנדסת הדיאלוג: להיות חלוקים מבלי להפוך לאויבים; לדון מבלי לבטל; ולחפש את האמת מבלי לטעון לבעלות בלעדית עליה.